一、期末留抵稅額抵減欠稅的含義
根據《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》(國稅發[2004]112號)規定：
增值稅一般納稅人既欠繳增值稅，又有增值稅留抵稅額的，應以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。
根據《國家稅務總局關于增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅有關處理事項的通知》(國稅函[2004]1197號)規定：
1.抵減欠繳稅款時，應按欠稅發生時間逐筆抵扣，先發生的先抵。
2.抵繳的欠稅包含呆賬稅金及欠稅滯納金。
3.以稅局填開的《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》日期作為截止期，計算欠繳稅款的滯納金金額。
4.欠繳總額=欠稅金額+滯納金;
5.如果欠繳總額>期末留抵稅額，則實際抵減金額=期末留抵稅額，并按配比方法計算抵減的欠稅和滯納金(不能只抵稅款或滯納金);
若欠繳總額<期末留抵稅額，則實際抵減金額=欠繳總額。
根據《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人將增值稅進項留抵稅額抵減查補稅款欠稅問題的批復》(國稅函[2005]169號)規定：
增值稅一般納稅人拖欠納稅檢查應補繳的增值稅稅款，如果納稅人有進項留抵稅額，可按照《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》(國稅發[2004]112號)的規定，用增值稅留抵稅額抵減查補稅款欠稅。
二、如何計算抵減金額
例：甲公司2021年12月被稽查，稽查結果應交增值稅80萬元，但因資金緊張，無法全額繳納。同時甲公司存在留抵稅額，故申請以留抵稅額抵減稽查欠稅金額。主管稅局已同意并填開《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》，截至通知書當日，應補滯納金20萬元。則甲公司欠繳總額為100萬元。
(1)如期末留抵稅額為60萬元，則甲公司實際可抵減金額為60萬元，其中：
抵減稅款=60×(80/100)=48萬元，
抵減滯納金=60×(20/100)=12萬元。
剩余稅款32萬元及滯納金8萬元，共計40萬元仍需甲公司以現金繳納。如果甲公司仍不按時繳納，則繼續加征滯納金。
(2)如期末留抵稅額為150萬元，則甲公司可全部抵減欠稅80萬元及滯納金20萬元，抵減后甲公司期末留抵稅額為50萬元。
三、留抵稅額能否抵減預繳增值稅欠稅
對于房地產企業和建筑業等需要預繳增值稅，如企業同時存在留抵稅額，是否可以直接用留抵稅額抵減預繳增值稅欠稅?
針對該問題，112號文并未明確增值稅欠稅不包括預繳增值稅形成的欠稅，但畢竟政策出臺于2004年，彼時尚無預繳增值稅情況。同時由于預繳增值稅與清繳增值稅性質及申報不一致，因此是否可以抵減實務中各地口徑不同。
目前需要預繳增值稅的情形主要有：
1.房地產企業銷售開發商品取得預售款時;
2.納稅人轉讓不動產時;
3.納稅人出租的不動產所在地與機構所在地不在同一縣市區時;
4.納稅人提供建筑服務收到預收款時;
筆者認為預繳增值稅屬于稅務機關加強稅收征管，保證稅源及時入庫的手段。針對房地產企業，由于前期商品房尚未交付，無需繳納增值稅。但由于取得大量工程發票，存在大額留抵稅額，如留抵稅額可以抵減預繳增值稅欠稅，不排除納稅人不按時預繳增值稅，故意形成欠稅，再以留抵稅額抵減該增值稅欠稅的情況。
因此筆者認為，留抵稅額抵減預繳增值稅欠稅實現難度大。
例：甲房地產企業2021年1月開始建造商品房，2021年10月商品房達到預售條件，當月取得預收款10900萬元，2021年1~10月，甲企業累計認證進項稅額2000萬元。則：
甲企業當月預繳增值稅=10900/(1+9%)*3%=300萬元;
如留抵稅額可用于抵減預繳增值稅，甲企業可不預繳該增值稅，形成欠稅，并于申報期后一日內向主管稅局申請留抵稅額抵減增值稅欠稅。
如此，甲企業只需額外支付300*0.05%=0.15萬元滯納金即可獲得300萬元稅款對應的資金收益。
如果資金成本按6%計算，假定甲企業1年后才滿足清繳增值稅條件，且當月銷項稅額大于進項稅額。
則甲企業相當于獲取資金收益=300*6%=18萬元。
凈收益=18-0.15=17.85萬元。
對于房地產企業而言，開發周期長，銷售收入高，增值稅金額大，不排除采用此種方式籌劃，以少量滯納金換取較長時期的資金收益。(本文原創：旺文生義)
如此，則2019年出臺的進項留抵退稅政策已無太大意義。
參考：河北省12366回復留抵稅額能否抵減預繳增值稅欠稅：
根據《河北省國家稅務局關于全面推開營改增有關政策問題的解答(之二)》的規定：
七、關于房地產開發企業增值稅留抵稅額是否可以抵減預繳稅款問題
房地產開發企業的增值稅留抵稅額不能抵減預繳稅款。
例如：2016年8月，某適用一般計稅方法的房地產開發企業取得不含稅銷售收入1000萬元，應當預繳增值稅30萬元，當月該公司留抵稅額50萬元。此時，該公司應當繳納預繳增值稅30萬元，50萬元留抵稅額繼續留抵，而不允許以留抵稅額抵減預繳稅額。
在納稅申報上，當月有留抵稅額時，《增值稅納稅申報表》主表第24行“應納稅額合計”為0，第28行“分次預繳稅額”也為0，可見不能相互抵減。
在會計處理上，預繳的增值稅一般在“應繳稅費—未繳增值稅”科目借方記載，而增值稅留抵稅額在“應繳稅費—應繳增值稅(進項稅額)”專欄記載。兩者屬于不同的會計科目，不能相互抵減。?
但實際上，該回復僅闡述留抵稅額不得抵減預繳增值稅，并未明確回復是否也不能抵減預繳增值稅形成的欠稅。?
四、留抵稅額能否抵減簡易計算的應交增值稅欠稅
該情況與能否抵減預繳增值稅類似，筆者認為進項留抵稅額屬于針對一般征收情況的概念，不能與簡易計稅混同，因此不能抵減簡易情況形成的應繳增值稅欠稅。否則對于同時有簡易計稅和留抵稅額的企業，可通過留抵稅額抵減故意形成的簡易欠稅，則有突破增值稅抵扣鏈條之嫌。
但若實務中確實因資金問題形成欠稅，仍可與主管稅局進行爭取，減少滯納金。
該問題遼寧12366有做回復：留抵稅額抵減簡易計算的增值稅欠稅存在稅收籌劃的風險。
但至今國稅總局仍未出臺明確的規定，可見國稅總局也并未規定“能”還是“不能”，將裁量權交給地方稅局。
五、留抵稅額抵減的欠稅部分是否還要繳納附加稅
正常理解，如果增值稅欠稅稅局已同意以留抵稅額抵減，企業無需繳納增值稅，稅基已不復存在，附加稅自然也不必繳納，否則會導致納稅人多交附加稅。但實務中部分地方稅局仍然要求納稅人繳納該部分附加稅。
例：假定甲公司欠稅300萬，期初留抵稅額為2000萬，稅局同意甲公司以留抵稅額抵減欠稅，當月甲公司正常業務產生銷項稅額2700萬，新增進項400萬。則甲公司當月各項稅費如下：
①上期留抵稅額=2000-300=1700萬元;
②當月可抵扣進項金額=1700+400=2100萬元;
③當月應交增值稅=2700-2100=600萬元;
④當月應交附加稅=600*(7%+3%+2%)=72萬元;
如果抵減欠稅部分也需繳納附加稅，則甲公司還需繳納附加稅=300*(7%+3%+2%)=36萬元;
當月附加稅一共繳納=72+36=108萬元;
而如果甲公司直接以現金繳納欠稅，則甲公司當月各項稅費如下：
①上期留抵稅額=2000萬元;
②當月可抵扣進項金額=2000+400=2400萬元;
③當月應交增值稅=300+2700-2400=600萬元;
④當月應交附加稅=600*(7%+3%+2%)=72萬元;
即是否以留抵稅額抵減欠稅，不影響增值稅實際繳納金額(上例中都是600萬元)。但以現金繳納欠稅時附加稅為72萬元，抵減情況下附加稅108萬元，相比不抵減多36萬元，正是由于抵減部分要求繳納附加稅導致。
納稅人選擇留抵稅額抵減欠稅，即減少了后續可抵扣增值稅基數，后期需多交增值稅，實質上為將本期應交稅款進行延緩。
從整個經營周期來看，不能因納稅人納稅時點不同，增加納稅人的整體稅負。
更不能因為納稅人享受了稅收政策，反而增加納稅人稅負。若抵減部分仍需繳納附加稅，實質上已造成重復征稅。
因此筆者認為，納稅人利用留抵稅額抵減增值稅欠稅的部分，無需繳納附加稅。
針對該問題，吉林省回復：該問題因沒有具體文件規定，以主管稅務機關答復為準。
而湖南、安徽、山東、四川、海南等大部分省市對此情況的處理意見為：
經批準用增值稅留抵稅額抵減增值稅欠稅的部分，應征收城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加。但應區分2種情況：
一、如果欠繳的增值稅沒有按規定繳納城建稅、教育費附加和地方教育附加，應按本期應納增值稅計算城建稅、教育費附加和地方教育附加。若沒有辦理附加稅費緩交手續，應按規定加收滯納金。
二、如果欠繳的增值稅按規定繳納了城建稅、教育費附加和地方教育附加，應按本期應納增值稅減去欠繳的增值稅后的余額計算應納城建稅、教育費附加和地方教育附加。?
上述回復與筆者的看法一致，避免了重復征稅。為便于理解，舉例如下：
例：甲公司為按季度納稅的增值稅納稅人，2021年3季度應交增值稅100萬元，但甲公司因資金緊張，未按時繳納，形成欠稅。2021年10月，甲公司新增留抵進項200萬元，2021年4季度甲公司銷項稅為800萬元。甲公司于11月初申請了留抵稅額抵減欠稅，稅務機關同意并出具《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》。為便于呈現，假定滯納金甲公司以現金支付。
1.甲公司四季度應交增值稅=800-(200-100)=700萬元;
應交附加稅=700*(7%+3%+2%)=84萬元;
附加稅金額與甲公司直接現金繳納欠稅計算結果一致。
2.假定甲公司3季度已將所欠增值稅100萬對應的附加稅12萬元按時繳納，則：
甲公司四季度應交增值稅=800-(200-100)=700萬元;
應交附加稅=(700-100)*(7%+3%+2%)=72萬元;
甲公司3、4季度合計繳納附加稅=12+72=84萬元，與直接現金繳納欠稅計算結果一致。
六、結論
1.企業存在增值稅欠稅，同時有增值稅留抵稅額時，可以留抵稅額抵減增值稅欠稅(包括稽查補稅部分)，但能否抵減預繳增值稅和簡易方式計算的增值稅欠稅，需咨詢各地稅局確定;
2.存在多筆欠稅的，按欠稅發生順序進行抵減。同時可以抵減欠稅對應的滯納金;
3.留抵稅額不足抵減欠稅總額時，不能只抵減稅款或滯納金，應按比例進行抵減;
4.留抵稅額抵減欠稅的部分原則上無需繳納附加稅。實務中如遇稅務機關要求繳納附加稅時，可就具體情形與稅局進行溝通，積極進行申辯，維護企業權益。
但交稅不一定是壞事，不交不一定是好事。
5.留抵稅額只能抵減增值稅欠稅，不能抵減其他稅種欠稅，與應退稅款不同。