貨物運輸代理服務企業作為中間商，取得運輸企業向其開具的發票，能否據以抵扣增值稅進項稅額，一直是運輸代理行業關注的熱點問題。針對這一問題，實踐中存在不同的觀點，那么這些觀點是否有道理呢？筆者結合個人的工作經驗來進行分析，供讀者參考。
案例：開具6%稅率發票，取得9%稅率發票
近期，運輸代理企業A公司簽訂了某項目的代理合同。合同約定，A公司采取全權代理的模式，為客戶B公司將貨物從甲市運輸到乙市，全權負責貨物的運輸、裝卸、倉儲，并按照代理服務，向客戶全額開具適用稅率為6%的增值稅專用發票。在項目進行過程中，A公司委托第三方運輸企業C公司承運該批貨物，取得了C公司開具的適用稅率為9%的交通運輸服務增值稅專用發票，并據此抵扣了相應的增值稅進項稅額(假設不考慮發票填寫不規范等其他因素)。
A公司取得C公司開具的增值稅專用發票，能否據以抵扣增值稅進項稅額？這一問題在實務中引發了不同觀點的討論。
有觀點認為，A公司取得增值稅專用發票，不屬于增值稅暫行條例中規定的“不得抵扣情形”，可以據實抵扣。有觀點認為，A公司作為中間商，取得運輸企業C公司開具適用稅率為9%的交通運輸服務發票，不符合增值稅發票抵扣鏈條原理，進項稅額不能進行抵扣。還有觀點認為，A公司的業務實質，應認定為無運輸工具承運業務，應按照交通運輸服務繳納增值稅，同時可以抵扣該筆進項稅額。
分析：如果抵扣，可能存在“高進低銷”問題
從增值稅進項稅額抵扣的相關政策來看，增值稅暫行條例第十條以及《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號，以下簡稱“36號文件”)附件2《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》，明確列舉了不能抵扣增值稅進項稅額的項目。從上述政策來看，A公司取得運輸發票進行進項稅額抵扣，并未在上述規定的“不得抵扣進項稅額”項目內。正因此，上述第一種觀點認為可以據實抵扣。但筆者認為，這種觀點有待商榷。
在運輸業務環節，C公司從A公司處收到款項，并向其開具適用稅率為9%的交通運輸服務發票。在運輸服務對象為自己的前提下，A公司取得C公司開具的增值稅專用發票，相應的增值稅進項稅額可以抵扣，并沒有問題。
但問題的焦點在于，實際接受運輸服務的對象是B公司，A公司只是為其提供代理服務。從業務循環上看，運輸代理公司A公司與客戶簽訂的是全權代理合同，按照合同約定總金額，向客戶開具適用稅率為6%的代理服務增值稅專用發票。此后，A公司與C公司簽訂委托協議，委托其代為運輸客戶的貨物，并向其支付資金。這種情況下，如果A公司可以憑C公司開具的適用稅率為9%的交通運輸發票，計算抵扣相應的增值稅進項稅額，卻又按照6%的稅率，計算確認銷項稅額，將存在“高進低銷”的問題。
觀點：扮演雙重角色，不能“一”扣了之
筆者認為，要解決這個問題，最關鍵的還是應結合貨物運輸整個過程的業務實質，來進行分析。
36號文件附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》規定，貨物運輸代理服務，指接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶經營人的委托，以委托人的名義，為委托人辦理貨物運輸、裝卸、倉儲和船舶進出港口、引航、靠泊等相關手續的業務活動，屬于商務輔助服務中的經紀代理服務。36號文件同時規定，無運輸工具承運業務，指經營者以承運人身份與托運人簽訂運輸服務合同，收取運費并承擔承運人責任，然后委托實際承運人完成運輸服務的經營活動，應按照交通運輸服務計算繳納增值稅。從業務實質上看，A公司以承運人身份與客戶B公司簽訂合同，并在貨物從甲市運輸到乙市的過程中，全權負責貨物的運輸、裝卸和倉儲。在具體運輸過程中，A公司又委托C公司負責實際承運。據此，A公司在此貨物運輸服務鏈條中，扮演著提供貨物運輸代理服務和無運輸工具承運服務的雙重角色。
基于此，筆者認為A公司應根據合理的分配原則，分別確認其提供貨物運輸代理服務和無運輸工具承運服務的銷售額，并分別向B公司開具適用稅率為6%的代理服務發票，以及適用稅率為9%的交通運輸服務發票；A公司可憑C公司開具的適用稅率為9%的交通運輸服務發票，計算抵扣相應的增值稅進項稅額。
需要提醒的是，鑒于這一問題在實務中存在不同觀點，筆者建議相關企業遇到這一問題時，應提前與主管稅務機關就具體涉稅處理方式進行溝通。在未得到明確答復前，應謹慎進行稅務處理，防止不確定性風險。