增值稅期末留抵稅額，指的是一般納稅人當期銷項稅額小于當期進項稅額不足抵扣時，結轉下期繼續抵扣的進項稅額。自2019 年4 月1 日起試行增值稅期末留抵退稅制度以來，這項政策由于涉及的內容較為復雜，一直是實務中的重難點，在執行中容易產生偏差，削弱政策的減負效應。本文圍繞該政策的適用范圍、適用條件、計算方式等梳理執行要點。
一、適用范圍
由于新冠肺炎疫情防控重點保障物資生產企業留抵退稅政策已到期失效，本文僅對一般性行業留抵退稅政策和先進制造業留抵退稅政策進行分析。
(一)一般性行業留抵退稅
根據《財政部 稅務總局 海關總署關于深化增值稅改革有關政策的公告》(財政部 稅務總局 海關總署公告2019 年第39 號)(以下簡稱“第39 號公告”)規定，自2019 年4 月1 日起，符合條件的一般性行業納稅人可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額。
(二)先進制造業留抵退稅
根據《財政部 稅務總局關于明確部分先進制造業增值稅期末留抵退稅政策的公告》(財政部 稅務總局公告2019 年第84 號)(以下簡稱“第84 號公告”)規定，自2019 年6 月1 日起，符合條件的部分先進制造業納稅人可以自2019 年7 月及以后納稅申報期向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額。這里的部分先進制造業納稅人， 是指按照《國民經濟行業分類》，生產并銷售非金屬礦物制品、通用設備、專用設備及計算機、通信和其他電子設備銷售額占全部銷售額的比重超過50% 的納稅人。
根據《財政部 稅務總局關于明確先進制造業增值稅期末留抵退稅政策的公告》(財政部 稅務總局公告2021 年第15 號)(以下簡稱“第15 號公告”)規定，自2021 年4 月1 日起，符合條件的先進制造業納稅人可以自2021 年5月及以后納稅申報期向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額。該政策在第84 號公告的基礎上，將生產并銷售“醫藥”“化學纖維”“鐵路、船舶、航空航天和其他運輸設備”“電氣機械和器材”“儀器儀表”銷售額占全部銷售額的比重超過50% 的納稅人納入先進制造業留抵退稅政策的適用范圍。
在判斷納稅人是否符合先進制造業留抵退稅政策的適用范圍時，需要把握三點：
一是行業判斷的標準。不是直接按照納稅人登記的行業，而是根據相關業務的銷售額占比判斷。
二是銷售額比重的計算區間。銷售額比重根據納稅人申請退稅前連續12 個月的銷售額計算確定；申請退稅前經營期不滿12 個月但滿3 個月的， 按照實際經營期的銷售額計算確定；經營期不滿3 個月的，需要待實際經營滿3 個月后再計算確定。
三是銷售額占比的標準。相關業務銷售額比重必須超過50%，比重恰好等于50% 的納稅人不得按先進制造業政策申請增量留抵退稅。
二、適用條件
對于一般性行業留抵退稅，需要同時滿足五個條件：一是自2019 年4 月稅款所屬期起，連續六個月(按季納稅的，連續兩個季度)增量留抵稅額均大于零，且第六個月增量留抵稅額不低于50 萬元；二是納稅信用等級為A 級或者B 級；三是申請退稅前36 個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形的；四是申請退稅前36 個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的；五是自2019 年4 月1 日起未享受即征即退、先征后返(退)政策。
對于先進制造業留抵退稅，沒有連續六個月增量留抵稅額均大于零且第六個月不低于50 萬元的條件，只要求申請退稅的當期增量留抵稅額大于零，其他條件與一般性行業留抵退稅相同。
實務中判斷納稅人是否符合享受條件需要注意以下四點：
(一)正確理解“增量留抵稅額”
一般性行業留抵退稅政策和先進制造業留抵退稅政策中可以申請退還的增量留抵稅額，均是指與2019 年3 月底相比新增加的期末留抵稅額。對于2019 年4 月1 日以后新設立的納稅人(包括2019 年4 月1 日后新登記的一般納稅人)，默認其2019 年3月底的留抵稅額為零，因此其當期的期末留抵稅額即為增量留抵稅額。比如，納稅人自2021 年8 月1 日起登記為增值稅一般納稅人，所屬期8 月的《增值稅及附加稅費申報表(一般納稅人適用)》上的期末留抵稅額為100 元，則該納稅人當期的增量留抵稅額為100 元。
(二)正確理解“連續六個月”
一是“滾動計算，期期均算”。比如，2019 年4—9 月稅款所屬期是一個連續期間，期間內每個月的增量留抵稅額均要大于零，若2019 年6 月的增量留抵稅額等于零，則自6 月終止計算，需要從2019 年7月稅款所屬期重新計算“連續六個月”。
二是“不得重復，一年最多兩次”。納稅人取得退還的留抵稅額后，若想再次申請留抵退稅，需要重新判斷是否符合條件，即此前已申請退稅的“連續六個月”，不能再次作為判斷期間參與計算。比如，納稅人2020 年1—6 月稅款所屬期符合條件并辦理退稅后，下一個“連續六個月”的計算期間應從2020 年7 月稅款所屬期開始。換句話說，納稅人在一個會計年度中，最多只能申請兩次退稅。
(三)正確適用“納稅信用等級”
一是納稅信用等級為M 級、C 級、D 級的納稅人均不符合條件。二是根據納稅人申請留抵退稅當期的納稅信用等級判斷是否符合規定條件，即以納稅人向主管稅務機關提交《退(抵)稅申請表》時的納稅信用等級確定。如果在申請時符合條件，但退稅后納稅信用等級被調整的，不需要追繳已退的稅款。
(四)正確判定“未享受即征即退”
如納稅人在2019 年3 月31 日前申請即征即退且符合政策規定，于4 月1 日后收到退稅款，屬于“未享受即征即退”的情形，可以按規定申請退還留抵稅額。需要注意的是，納稅人按照第39 號公告、第84 號公告和第15 號公告規定取得增值稅留抵稅款的，不得再申請享受增值稅即征即退、先征后返(退)政策。
三、計算方式
一般性行業留抵退稅政策規定，允許退還的增量留抵稅額= 增量留抵稅額× 進項構成比例×60%.先進制造業留抵退稅政策規定，允許退還的增量留抵稅額= 增量留抵稅額× 進項構成比例，沒有60% 的比例限制。上述公式中進項構成比例的計算口徑相同，均為2019 年4 月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票(含稅控機動車銷售統一發票)、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。在計算時，應注意以下要點：
(一)進項構成比例計算起點始終為2019 年4 月
不論納稅人何時申請留抵退稅，進項構成比例計算周期的起點只能是2019 年4 月。如納稅人在2021 年7 月稅款所屬期申請留抵退稅，進項構成比例計算期間為2019 年4 月稅款所屬期至2021 年6 月稅款所屬期。
(二)進項構成比例的分子不能隨意擴圍
進項構成比例的分子，僅指增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額。其他扣除憑證不在范圍內，如收費公路通行費增值稅電子普通發票、購進國內旅客運輸服務取得的非專票抵扣憑證(電子普通發票，注明旅客身份信息的航空運輸電子客票行程單、鐵路車票、公路、水路等其他客票)、農產品收購發票或銷售發票等。
(三)進項稅額轉出不影響進項構成比例
根據《國家稅務總局關于取消增值稅扣稅憑證認證確認期限等增值稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2019 年第45 號)，在計算允許退還的增量留抵稅額的進項構成比例時，納稅人在2019 年4 月至申請退稅前一稅款所屬期內按規定轉出的進項稅額，無須從已抵扣的增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額中扣減。
(四)一次性轉入的待抵扣不動產進項稅額
對納稅人前期待抵扣的不動產進項稅額，在2019 年4 月1 日后可以一次性轉入，在轉入當期，這部分進項稅額視同取得專用發票的進項稅額，參與進項構成比例的計算。在當期形成留抵稅額的，可用于計算增量留抵稅額。
(五)加計抵減額不參與留抵退稅的計算
生產、生活性服務業納稅人按規定計提的加計抵減額，直接抵減增值稅的應納稅額，不屬于增值稅抵扣鏈條的范疇，所以加計抵減的期末余額不能比照留抵稅額申請退還。另外，加計抵減額是按照納稅人當期可抵扣的進項稅額計提的，留抵稅額的來源同樣是當期可抵扣的進項稅額，納稅人申請留抵退稅只是提前使用了留抵稅額，其在退稅后按規定申報進項轉出，調減期末留抵稅額，相當于進項稅額已經使用，而不是因為不能抵扣而轉出，因此同時享受了加計抵減政策和申請留抵退稅的納稅人，不需要因為取得了留抵退稅而調減加計抵減期末余額。
四、操作關鍵點
1. 征期內完成申報后方可申請。納稅人應于符合留抵退稅條件的次月起，在增值稅納稅申報期內，完成本期增值稅納稅申報后，通過電子稅務局或辦稅服務廳提交《退(抵)稅申請表》。
2. 和出口退稅的銜接。納稅人出口貨物勞務、發生跨境應稅行為，適用免抵退稅辦法的，可以在同一申報期內，既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅。稅務機關應先辦理免抵退稅。辦理免抵退稅后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，再辦理留抵退稅。納稅人適用免退稅辦法的，相關進項稅額不得用于退還留抵稅額。
3. 暫停和終止操作。稅務機關在辦理留抵退稅期間，發現符合留抵退稅條件的納稅人存在以下情形，暫停為其辦理留抵退稅：存在增值稅涉稅風險疑點的；被稅務稽查立案且未結案的；增值稅申報比對異常未處理的；取得增值稅異常扣稅憑證未處理的；國家稅務總局規定的其他情形。如果增值稅涉稅風險疑點等情形已排除，且相關事項處理完畢后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，稅務機關繼續為其辦理留抵退稅；納稅人不再符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。
需要注意的是，稅務機關對增值稅涉稅風險疑點進行排查時，發現納稅人涉嫌騙取出口退稅、虛開增值稅專用發票等增值稅重大稅收違法行為的，終止為其辦理留抵退稅。稅務機關對納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法行為核查處理完畢后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可按規定重新申請辦理留抵退稅。
4. 納稅人收到退稅的當月，應將退稅額從可抵扣稅額中轉出。即在收到退稅次月的申報期內，將收到的稅額填報《增值稅及稅費附加稅費申報表附列資料(二)》(本期進項稅額明細)的“二、進項稅額轉出額”第22 行“上期留抵稅額退稅”對應的“稅額”欄。
五、對其他稅(費)種的影響
(一)留抵退稅額允許從“一稅兩附加”計稅依據中扣除
納稅人實際繳納的增值稅稅額是城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅(征)依據，根據《財政部 稅務總局關于增值稅期末留抵退稅有關城市維護建設稅教育費附加和地方教育附加政策的通知》(財稅〔2018〕80 號)規定，對實行增值稅期末留抵退稅的納稅人，允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅(征)依據中扣除退還的增值稅稅額。
(二)退稅收入不屬于企業所得稅收入
由于增值稅增量留抵退稅屬于對可結轉抵扣的進項稅額的退還，不涉及收入確認，不屬于企業所得稅征收范圍。企業在收到增值稅增量留抵退稅款后，沖減應交稅費——應交增值稅(進項稅額)，不需要確認收入。